Shirou Emiya mieszka sam w domu odziedziczonym po swoim przybranym ojcu, przyjacielu nauczycielki Shirou z lokalnej szkoły. Poza wizytami i nieustanną pomocą w domowych obowiązkach ze strony Sakury Matou, młodszej siostry Shinjiego Matou, którego Shirou uważa za swojego najlepszego przyjaciela, w jego życiu nie dzieje się nic niezwykłego. Może poza tym, że Shirou, podobnie jak jego zmarły opiekun, ma pewien sekret – magiczny talent. Nie na tyle silny, by w normalnych warunkach miał znaczący wpływ na jego życie, ale wystarczający, by wplątać go w aferę, która może kosztować go życie! Miasto Fuyuki, w którym toczy się akcja, właśnie po raz kolejny staje się areną morderczej walki między bezwzględnymi magami, uczestniczącymi w krwawym rytuale, znanym ogólnie pod nazwą Seihai Sensou – Wojny o Graal.

Graal. Legendarny kielich, zdolny spełnić wszelkie pragnienia tego, kto go dzierży. Przynależny dziedzinie ducha, może zmaterializować się jedynie w rękach eirei – ponadczasowych duchów władców i wojowników, „geniuszy” ludzkości, których czyny za życia uczyniły legendą, takich jak Aleksander Wielki, Wilhelm Zdobywca, Temudżyn, Joanna D'Arc, Ryszard Lwie Serce. Jednakże w świecie ludzi eirei przebywać mogą tylko podtrzymywani maną, dostarczaną przez żywego maga. Dlatego też, gdy przy pomyślnych warunkach zaczyna się rytuał Wojny, siedmiu magów przyjmuje role mistrzów i przyzywa eirei, by zawrzeć z nim lub nią kontrakt i razem sięgnąć po obietnicę spełnienia wszelkich życzeń przez Graala. Przyzwany eirei staje się sługą, ostrzem swego mistrza w rytuale wojny, dopóki nie polegnie, bądź jego mistrz nie zużyje wszystkich trzech reiju – pieczęci poleceń, którym sługa musi się bezwzględnie podporządkować. Rytuał może się zakończyć dopiero wtedy, gdy zostanie jeden mistrz i jeden sługa…

Pewnej nocy nieszczęśliwym zbiegiem okoliczności Shirou staje się świadkiem pierwszej potyczki między eirei. Z tego też powodu zostaje zabity. Ale w chwili słabości Rin Tohsaka – jedna z magów uczestniczących w rozpoczynającej się właśnie Wojnie – używa swych mocy, by uleczyć nieuleczalne rany i przywrócić swego szkolnego kolegę do życia. Prześladowca nie ustępuje łatwo i wraca by „dokończyć dzieła”. Właśnie wtedy nieświadomy sytuacji i bliski śmierci Shirou przywołuje w dawnej pracowni swego przybranego ojca własnego sługę, stając się już nie tyle ofiarą czy świadkiem, ale czynnym uczestnikiem zdarzeń. Czekać go będzie niełatwe zadanie odsłonięcia całej prawdy o mrocznym rytuale i równie trudna decyzja co do własnej motywacji w wojennych działaniach.