Tajna protestancka organizacja Hellsing, kierowana przez sir Integrę Hellsing zajmuje się zabijaniem nieumarłych i utrzymywaniem ich istnienia w tajemnicy. Analogiczne zadanie wykonuje specjalna Sekcja XIII w Watykanie - Iscariote. Prowadzi to do konfliktu, którego główną osią jest dwóch bohaterów obdarzonych nadludzkimi mocami - Alucard z Hellsinga i o. Alexander Anderson z Iscariote. Niespodziewanie do akcji włączają się naziści, pod wodzą mjr. Montany chcącego rozpętać wojnę z Anglią. W wyniku prowadzonych eksperymentów dysponują armią nieumarłych. Hellsing musi stawić czoło szalonemu majorowi oraz armii abp. Enrico Maxwella, który prowadzi krucjatę na protestantów.