W 1937, przed II Wojną Światową, porucznik Japońskiej Armii, Yuuki, tworzy Agencję D, stowarzyszenie pod jego rozkazami. Zadaniem tej agencji jest wyłapanie wszystkich szpiegów w sieci Japońskiego, militarnego personelu. Yuuki trenuje całą drużynę agentów, biorących udział w różnych misjach przeciwko domowym i zagranicznym powstaniom.