50 lat temu wybuchł pierwszy konflikt ludzkości z istotami z Innego Świata. Trwał tylko dwa tygodnie, ale setki miast zostało przy tym zniszczonych, a 5 milionów ludzi straciło swe życia. Ludzkość była kompletnie bezsilna przeciwko obcej armii. Następnie pół roku przed przedstawianymi wydarzeniami wystąpił drugi konflikt, rasa ludzka rozpaczliwie próbowała się oprzeć, lecz konwencjonalna broń była bezsilna przeciwko technologi najeźdźców. Ziemianie zostali pokonani, a prawie cała nasza planeta podbita. Ludzkość musiała porzucić stały grunt i przenieść się na morza, zamieszkując na ogromnych pływających miastach oraz nie mając komunikacji z lądem.
Historia anime skupia się na Kizunie Hidzie, który został zaproszony do Strategiczno-Obronnej Akademii "Atraxia" na prośbę swojej starszej siostry. Po przybyciu, zagubiony w nowym miejscu, spotyka sam na sam dziewczynę, Ainę Chidorigafuchi, która pilotuje magiczną zbroję Zerosu. Niespodziewanie ściąga ona ubranie na oczach Kizuny. Spotkanie przerywa im jednak atak najeźdźców, a następnie przychodzi nieoczekiwana wiadomość z ważną misją od Reiri Hidy, starszej siostry bohatera, w której rozkazuje mu pocierać piersi Ainy! Okazuje się, że Kizuna posiada moc wzmacniania umiejętności innych użytkowniczek Heart Hybrid Gear przez robienie z nimi nieprzyzwoitych rzeczy. Przyszłość świata zależy od tej niecodziennej mocy.