Naruto Shippuuden to kontynuacja serii Naruto, opowiadająca o dalszych przygodach tytułowego bohatera. Seria rozpoczyna się od powrotu Naruto do wioski po zakończeniu dwuipółletniego treningu z legendarnym Jiraiyą. Jego celem jest sprowadzenie po trzech latach sprowadzić do wioski dawnego przyjaciela Naruto – Sasuke. Anime opowiada o dalszych dążeniach Naruto do uratowania przyjaciela i stania się osobą szanowaną we wiosce.