Nadmierna emisja dwutlenku węgla do atmosfery i postępujący efekt cieplarniany doprowadziły do katastrofy naturalnej. Dzisiejsze Tokio nie jest już tętniącą życiem metropolią, a wymarłym miastem zatopionym w pięknym, ale niebezpiecznym morzu zieleni. Nadzieją dla ludzkości miał być projekt Atlas, który zakładał budowę wielkiej wieży, gdzie wszyscy będą mogli żyć w spokoju, z dala od niebezpiecznego lasu. W praktyce jednak sytuacja wygląda tak, że w „Arce Noego” żyją jedynie najbogatsi i uprzywilejowani mieszkańcy Japonii, a reszta codziennie musi zmagać się z zabójczą naturą, gdzieś w ruinach starego Tokio albo w mieście­‑slumsie Duomo. Oczywiście nie wszyscy godzą się na obecny stan rzeczy i starają się walczyć z despotyczną władzą. W tym celu powstała organizacja, zwana Metal­‑age. Niestety, nie radzi sobie ona najlepiej i do tej pory nie udało jej się poprawić warunków życia „zwykłych ludzi”. Czy zmieni coś fakt, że po dwuletnim pobycie w poprawczaku do Duomo wróci przyszła liderka ruchu oporu, Kuniko Houjou?