Akcja filmu rozgrywa się rok po wydarzeniach z serii anime. Wkrótce Rintarou zaczyna czuć skutki uboczne swoich podróży w czasie. Do lnii świata w której żyje, szybko dobudowuje się podobna, różniąca się tylko drobnym szegółem. Nie ma w niej Okabe. Okarin nagle zaczyna powoli zniknąć z życia, przeskakując pomiędzy obiema linami czasu. Tylko Kurisu Makise jest wstanie sobie o nim przypomnieć dzięki uczuciu Déjà vu. Teraz to ona musi znaleźć sposób, aby uratować samozwańczego szalonego naukowca.