Od zakończenia emisji pierwszego sezonu minęły trzy miesiące. Nadszedł październik 2008 roku i w telewizji pojawił się ciąg dalszy. W anime minął tylko tydzień i Zero, po krótkim kryzysie, wrócił do obowiązków prefekta. Tymczasem Yuuki zaczynają dręczyć dziwne i niepokojące wizje, które sprawiają, że dziewczyna bardziej niż kiedykolwiek pragnie poznać swoją przeszłość. Nie ma jednak pojęcia, iż grozi jej niebezpieczeństwo, przed którym usilnie starano się ją chronić przez ostatnie dziesięć lat. Nadszedł czas podjęcia ważnych decyzji i rozwiązania wszystkich tajemnic…