Akcja ma miejsce w Tokio w roku 2039. Po wybuchu epidemii nieznanego wirusa Japonia jest okupowana przez organizację GHQ, której zadaniem jest za wszelką cenę przywrócić ład w kraju.

Ohma Shu, uczeń liceum, osoba bez większych aspiracji, prowadzący spokojne, nudne życie, poznaje Yuzurihe Inori, dziewczynę należącą do ruchu oporu. Od tego momentu jego życie zaczyna się zmieniać. Nieoczekiwanie zostaje obdarzony mocą, dzięki której może wyciągać z ludzi pustkę - przedmiot odzwierciedlający ludzkie obawy lub kompleksy. Shu staje się ważnym elementem planu ruchu oporu i obiektem manipulacji obu stron konfliktu. Targany mieszanymi uczuciami stara się znaleźć miejsce w nowym świecie. Czy mu się uda, po czyjej stanie stronie, jakie podejmie decyzje, tego i wiele więcej dowiecie się oglądając Guilty Crown.