Fabuła opowiada o losach chłopca imieniem Naruto, który na początku jest ignorowany przez ludzi z wioski, jego celem jest zostać zauważonym przez innych do czego dąży z całych sił, rozrabiając i psocąc. Początkowo Naruto jest uczniem Akademii Ninja w wiosce o nazwie Konoha, zdobywa w niej poszczególne stopnie (Genin, Chuunin, Sennin), Naruto odnajduje przyjaciół w Sasuke Uchiha i Sakurze Haruno, dwojgu młodych ninja, którzy razem z nim zostali wybrani, by utworzyć trzyosobową drużynę pod dowództwem nauczyciela Kakashiego Hatake. Dodam też że Ojciec naszego bohatera zapieczentował w nim Kyūbiego, demonicznego lisa o dziewięciu ogonach. Anime utrzymuje równowagę pomiędzy dramatem, a komedią, dodając do tego mnóstwo akcji.